Największe znaczenie dla współczesnego charakteru Krzeszowic jako uzdrowiska miał trzeciorzęd (60-1 mln lat p.n.e.), a ściślej - morze mioceńskie, które zalało Rów Krzeszowicki, utworzony wcześniej pod wpływem alpejskich ruchów górotwórczych.
W specyficznych warunkach terenowych na dnie morza, wśród iłów, wytrącał się z wody siarczan wapnia, czyli gips. Na skutek działania materii organicznej, zawartej w sąsiadujących z gipsem pokładach, zostaje on zredukowany. W wyniku dalszych procesów dochodzi do wypłukiwania związków siarki, które w postaci wody siarczanowo-wapniowo-siarczkowej wypływają w Krzeszowicach w postaci dwu źródeł: "Głównego" i "Zofii".